Zum Themenbereich Wissenschaft gehören die Hochschulpolitik und die Forschungspolitik des Landes. Die Abteilung 3 ist für die staatlichen Universitäten, Fachhochschulen und die Hochschule für Musik und Theater sowie die Universitätskliniken zuständig. Dazu gehört eine hochschulartenübergreifende Entwicklungsplanung und die Ausrichtung und Abstimmung der Hochschulen untereinander und im Verhältnis zu den außeruniversitären Forschungseinrichtungen.
Eine wichtige Aufgabe liegt ferner im Bereich der strategischen Hochschulsteuerung. Realisiert wird dies durch neue Steuerungsinstrumente wie Zielvereinbarungen und Qualitätssicherung. Des Weiteren ist die Abteilung für Grundsatzfragen der Forschung zuständig - sowohl im Bereich der Hochschulen als auch im Bereich wichtiger Forschungseinrichtungen außerhalb der Hochschulen. Ein wesentlicher Aufgabenbereich ist die Hochschulgesetzgebung.
Im Rahmen der Vereinheitlichung des europäischen Hochschulraums wurden in MV international vergleichbare Bachelor- und Masterstudiengänge eingeführt. Alle Aspekte, die mit der Einführung von Bachelor und Master zusammenhängen, sind in dieser Abteilung konzentriert.