Die Kirchenangelegenheiten gehören, wie vielfach aus der Bezeichnung "Kultusministerium" deutlich wird, zu den historischen Kernzuständigkeiten des Ministeriums.
Bevor die Weimarer Verfassung 1919 in Kraft trat, war es die Aufgabe der Ministerien, direkt die Kirchenaufsicht und die Kirchenorganisation im Auftrag des Landesherren wahrzunehmen. Das Land Mecklenburg-Vorpommern existierte in seiner jetzigen Form noch nicht. Vorpommern war Bestandteil des Königreiches Preußen und Mecklenburg gliederte sich in die beiden Großherzogtümer Mecklenburg-Strelitz und Mecklenburg-Schwerin.
Mit der Trennung von Staat und Kirche änderten sich diese Zuständigkeiten: Die Pflege partnerschaftlicher Beziehungen zu den Kirchen, Religions- und Weltanschauungsgemeinschaften zählen nun zu den Hauptaufgaben des Kirchenreferates.
Die Rechtsgrundlagen hierfür wurden in der Weimarer Verfassung vom 11. August 1919 gelegt. Sie sind auf Grund von Artikel 140 des Grundgesetzes für die Bundesrepublik Deutschland Bestandteil des Grundgesetzes und auf Grund von Artikel 9 Absatz 1 der Verfassung des Landes Mecklenburg-Vorpommern auch Bestandteil unserer Landesverfassung. Im Geiste dieser Verfassungsbestimmungen wurden nach der Gründung des Landes Mecklenburg - Vorpommern die Beziehungen zwischen dem Land und den Kirchen und Religionsgemeinschaften vertraglich geregelt.