Der nachhaltige Schutz der Gewässer und der Bodenfunktionen ist die zentrale Aufgabe der Abteilung. Als oberste Wasser- und Bodenschutzbehörde trägt sie Sorge dafür, dass künftigen Generationen wichtige Lebensgrundlagen erhalten bleiben. Ein konsequenter Grundwasserschutz soll dabei eine sichere Trinkwasserversorgung garantieren. Gezielte Fördermaßnahmen der kommunalen Pflichtaufgabe "Abwasserbeseitigung" haben gleichermaßen saubere Gewässer und bezahlbare Abwassergebühren zum Ziel.
Erforderliche Maßnahmen zur Bewirtschaftung der Gewässer, zur Sicherung des Hochwasserabflusses sowie des Küstenschutzes werden hier konzipiert, koordiniert und realisiert. Dazu findet beispielsweise im Bereich Meeresumweltschutz und anderen grenzüberschreitenden Problemfeldern ein intensiver Austausch mit dem Bund, den Bundes- und angrenzenden Küstenländern statt. Mittels Altlastenfreistellung und Sanierung wird die Ansiedlung von Investoren erleichtert. Um künftig schädliche Bodenveränderungen und Altlasten zu vermeiden, sind bei allen Nutzungsformen (z.B. Bauwirtschaft, Landwirtschaft) Vorsorgemaßnahmen unerlässlich, für die Hilfen zur Verfügung gestellt werden. Mit dem Bodenschutzprogramm wird ein Instrument geschaffen, welches die unterschiedlichen Fachbereiche verknüpft.