Die Futtermittelüberwachung ist in zwei Komplexe aufgegliedert, den Prozesskontrollen (Betriebs- und Buchprüfungen) und den Produktkontrollen (Probenahmen und Analysen auf Inhaltsstoffe, Zusatzstoffe, unerwünschte Stoffe, unzulässige Stoffe, verbotene Stoffe, Rückstände von Schädlingsbekämpfungsmitteln. Dazu gehören auch die Kontrolle der Bezeichnung und der Kennzeichnung von Futtermitteln und die Kontrolle der Einhaltung der Verbote zum Schutz vor Täuschung und Werbung).
Die Futtermittelkontrollen umfassen die gesamte Kette von der Produktion und Anlieferung der Komponenten über deren Mischung im Mischfutterwerk, die Lagerung, den Transport zum Handel bis hin zur Verfütterung im landwirtschaftlichen Betrieb. Beprobt und untersucht werden Einzelfuttermittel, Zusatzstoffe, Vormischungen und Mischfuttermittel (einschließlich Heimtierfuttermittel).
Der Rahmenplan der Kontrollaktivitäten im Futtermittelsektor für die Jahre 2007 bis 2011 gibt den Bundesländern den Mindestkontrollumfang vor. Mit diesem Plan wird den Anforderungen der Verordnungen (EG) Nr. 178/2002 und (EG) Nr. 882/2004 der Europäischen Kommission Rechnung getragen, die ein risikoorientiertes Vorgehen in der Futtermittelüberwachung fordern.
Seit 2004 gelten neue Verordnungen zur Kennzeichnung und die Rückverfolgbarkeit von Futtermitteln mit genetisch veränderten Organismen (GVO). Diese sind ein wichtiger Bestandteil der Futtermittelkontrollen geworden. Die Kontrollen konzentrieren sich hier auf Futtermittel, die nicht gekennzeichnet sind, aber möglicherweise GVO enthalten könnten ("Missbrauchskontrolle"). Schwerpunkt ist dabei die Beprobung von Einzelfuttermitteln wie Mais, Raps, Soja, da in diesen Futtermittelarten hauptsächlich GVO enthalten sein können.