Die Abteilung 3 koordiniert die europäischen und internationalen Angelegenheiten des Landes. Neben Grundsatzfragen der EU und ihrer Fachpolitik begleitet sie Gremien wie den Bundesrat (in EU-Angelegenheiten), die Europaministerkonferenz und den Ausschuss der Regionen. Zur Abteilung 3 gehören das Informationsbüro des Landes bei der EU in Brüssel und die Gemeinsame Verwaltungsbehörde (GVB) für die EU-Strukturfonds (EFRE, ESF) sowie den Landwirtschaftsfonds (ELER).
Den Ministerpräsidenten bei der Außenvertretung des Landes zu unterstützen, ist eine weitere Aufgabe der Abteilung. Sie betreut die Regionalpartnerschaften des Landes und nimmt dessen Interessen in internationalen Gremien wahr – insbesondere im Ostseeraum.