Mit der Wiedervereinigung Deutschlands entstand im Jahr 1990 aus den Bezirken Neubrandenburg, Rostock und Schwerin das Land Mecklenburg-Vorpommern. Die erste Landtagswahl fand am 14. Oktober 1990 statt. Sie brachte der CDU mit 38,3 Prozent den größten Stimmenanteil, weshalb die Christdemokraten den ersten Ministerpräsidenten von Mecklenburg-Vorpommern stellten. Prof. Dr. Alfred Gomolka (CDU) wurde am 27. Oktober 1990 in das Amt gewählt.
Der erste Ministerpräsident von Mecklenburg-Vorpommern führte das Land anderthalb Jahre lang in einer Koalition aus CDU und FDP. Am 19. März 1992 trat er in Folge der Krise um die Privatisierung der Werften zurück.
Gomolkas Amtsnachfolger wurde Dr. Berndt Seite (CDU). Nach der Landtagswahl am 16. Oktober 1994 bildete sich ein neues Regierungsbündnis aus CDU und SPD. Es nahm am 8. Dezember 1994 die Arbeit auf. Berndt Seite blieb bis Anfang November 1998 Ministerpräsident.
Vom 3. November 1998 bis 6. Oktober 2008 war Dr. Harald Ringstorff (SPD) Ministerpräsident von Mecklenburg-Vorpommern. Nach den Landtagswahlen am 27. September 1998 wurde unter seiner Führung eine Koalition aus SPD und PDS gebildet – die erste auf Landesebene in der Bundesrepublik Deutschland. Nach den Landtagswahlen am 22. September 2002 wurde die Koalition fortgeführt. Im Ergebnis der Landtagswahl vom 17. September 2006 löste ein Bündnis aus SPD und CDU die vorherige rot-rote Koalition ab. Am 7. November 2006 wählte der Landtag von Mecklenburg-Vorpommern Harald Ringstorff zum dritten Mal in Folge in das Amt des Ministerpräsidenten. Im August 2008 kündigte er seinen Rückzug aus dem Amt aus Altersgründen an.
Am 6. Oktober 2008 wurde Erwin Sellering zum vierten Ministerpräsidenten des Landes Mecklenburg-Vorpommern gewählt.