Das Land Mecklenburg-Vorpommern verfügt entlang seiner 381 Kilometer langen Außenküste und 1.562 Kilometer langen Bodden- und Haffküste über gute natürliche Voraussetzungen für den Seeverkehr. Insgesamt 13 Hafenstandorte bieten ihre maritim-logistischen Dienstleistungen für die See- und Binnenschifffahrt sowie für die See- und Flusskreuzschifffahrt an. Im Einzelnen sind dies: Wismar, Rostock, Stralsund, Sassnitz/Mukran, Greifswald, Vierow, Lubmin, Wolgast, Ueckermünde, Anklam, Demmin, Jarmen und Malchin.
Die Häfen zeichnen sich aus durch eine günstige verkehrsgeografische Lage, gute land- und seeseitige Erreichbarkeit, eine leistungsfähige Hafeninfrastruktur sowie durch erfahrene und zuverlässige Dienstleister. Dank der Verkehrs- und Hafeninfrastruktur sowie des Engagements der privaten Unternehmen sind die Häfen für den Wettbewerb gut aufgestellt.
Sie leisten im zusammenwachsenden Europa einen erheblichen Beitrag, den zunehmenden Gütertransport zu bewältigen und die steigenden Mobilitätsanforderungen zu erfüllen. Nach den Angaben der Hafenbetreiber und des Hafenamtes Rostock erzielten die MV-Häfen in 2007 mit rund 40 Millionen Tonnen (2006: 38,8 Millionen Tonnen) ihr bislang bestes Umschlagsergebnis. Diese Angaben sind nicht vergleichbar mit der amtlichen Seeverkehrsstatistik. Letztere weist nur die Ladungsmengen aus, die auch die Seegrenze überschreiten. Sogenannte Gewinnungsverkehre (z. B. Seekies) und Bebunkerungen von Schiffen mit Öl werden wie auch die Eigengewichte der im Seeverkehr eingesetzten Transportmittel (Waggons, LKW, Trailer, Busse, PKW usw.) nicht berücksichtigt. Im Personenverkehr über See werden jährlich rund vier Millionen Passagiere in den MV-Häfen abgefertigt.
Die Häfen im Land entwickeln sich zunehmend zu einer bedeutenden Schnittstelle nationaler wie internationaler Transportketten sowie zu attraktiven Logistikstandorten für Reeder, Industrie- und Gewerbeunternehmen sowie für maritime Touristikanbieter der Kreuzfahrtbranche. Die ausgebauten seewärtigen Zufahrten ermöglichen den Werften die Akquisition größerer Schiffsneubauten.
Seehäfen mit besonders hohem Anteil an überregionaler Bedeutung sind Rostock (Seehafen Rostock), Wismar und Sassnitz/Mukran. Der Bedeutung dieser Häfen für die Verkehrs- und Wirtschaftspolitik Rechnung tragend, ist die Landesregierung gesellschaftsrechtlich an den Betreibergesellschaften dieser Häfen beteiligt: Die Gesellschafteranteile werden von den jeweiligen Kommunen und dem Land gehalten. Konkret ist das Land mit 25,1 Prozent an der Hafen-Entwicklungsgesellschaft Rostock mbH (HERO) und jeweils 10 Prozent an der Seehafen Wismar GmbH (SHW) und an der Fährhafen Sassnitz GmbH (FHS) beteiligt. Durch die Gesellschafterfunktion und die Mitgliedschaft in den Aufsichtsräten übt das Land direkten Einfluss auf die Entwicklung dieser Häfen aus. Die anderen Häfen sind überwiegend von regionaler Bedeutung.
Der Kreuzfahrttourismus in Mecklenburg-Vorpommern hat gute Entwicklungschancen. Rostock-Warnemünde und der Fährhafen Sassnitz/Mukran werden von Hochseekreuzfahrtschiffen, und die Häfen in Stralsund, Greifswald, Wolgast und Ueckermünde von Flusskreuzfahrtschiffen angelaufen.