Die Abteilung 2 ist für die Wirtschafts- und Strukturpolitik des Landes zuständig. Dafür analysieren und bewerten die Mitarbeiter die Wirtschaftsentwicklung des Landes und entscheiden über die Fördergrundsätze im Bereich der Industrie.
In dem Bereich Technologie gehören Grundsatzentscheidungen, betriebliche Technologieförderung sowie die Förderung der wirtschaftsnahen Forschung zur Arbeit dieser Abteilung.
Ferner werden die Außenwirtschaft sowie die europäische Zusammenarbeit des Landes koordiniert. Neben der Bearbeitung von EU-Gemeinschaftsinitiativen gehört es zu den Aufgaben, Firmen bei Messeauftritten im In- und Ausland zu unterstützen und Reisen von Wirtschaftsdelegationen ins Ausland zu organisieren.
Der Abteilung 2 ist auch der Bereich Gesundheitswirtschaft zugeordnet. Durch die Förderung dieses Wirtschaftszweiges soll Mecklenburg-Vorpommern als Gesundheitsland Nummer eins etabliert werden.